(Có chứa thông tin spoilers)

Ta vào vai nhân viên cấp D, có tên chỉ định là "D-9341". Sau khi khám phá thêm trong game, tên thật của anh là "Benjamin Oliver Walker"[7], một nghiên cứu cấp cao của tổ chức bị dáng cấp xuông nhân viên cấp D vì đã nghiên cứu trái phép một hiện tượng dị thường, tạm dịch là "chuyển biến xoắn ốc". Đây là lí do tại sao người chơi có thể "save" game, cũng như "load" game nếu chơi trên chế độ "Safe" và "Euclid".

D-9341 tỉnh dậy trong buồng giam và được hộ tống bởi 2 lính gác để thử nghiệm. Nếu từ chối ra khỏi phòng giam, hoặc có ý định trốn thoát, người chơi sẽ bị tiêu diệt ngay lập tức. Cùng với 2 nhân viên cấp D không rõ tên, D-9341 được thử nghiệm với SCP-173. Trong khoảng thời gian này, nguồn điện và hệ thống cửa của Tổ chức đã hoạt đông bất thường, khiến SCP-173 giết chết hai nhân viên cấp D khác và cả D-9341 nếu anh còn trong phòng giam. SCP-173 trốn thoát khỏi khu vực quản thúc bằng đường ống thông gió, còn D-9341 rời khỏi khu vực thử nghiệm. Loa phát thanh sau đó thông báo rằng vài SCP nguy hiểm đã trốn thoát, khiến cả cơ sở nghiên cứu buộc phải bị đóng cửa. Người chơi điều khiển D-9341, né tránh các SCP như SCP-106, một người đàn ông cao tuổi có thể đi xuyên qua các vật liệu và bắt cóc anh vào "không gian bỏ túi" của hắn, hay SCP-049, một bác sĩ dịch hạch có thể chuyển đổi nạn nhân của hắn thành các "thây ma".

D-9341 sau đó gặp gỡ SCP-079[8], một loại trí tuệ nhân tạo[9] đã gây nên toàn bộ sự cố vi phạm quản thúc. Được biết, tiến sĩ Maynard và đặc vụ Skinner (người đã thả 106), là hai gián điệp từ phe "Hỗn Kháng" (Chaos Insurgency). Họ đã giúp SCP-079 có quyền kiểm soát toàn bộ điện năng của cơ sở. Ta có thể biết được điều này nếu người chơi đi vào văn phòng của Maynard, bằng cách lấy một tờ giấy có ghi mã code văn phòng của hắn trong "không gian bỏ túi" của SCP-106. Ta sẽ thấy 1 tờ ghi chú có ghi: "YOU MADE IT SO EASY, NICE WORK FOUNDATION" (Các người làm cho nó quá dễ, làm tốt lắm Tổ chức). Trong khu vực quản thúc hạng nhẹ, ta sẽ thấy một tiến sĩ được thả ra bởi 106 từ trên trần nhà, rất có thể là Maynard. Hắn đã bị bắt bởi SCP-106 và bị giam cầm, đó là vì sao ta thấy tờ giấy có ghi mã code bên trong "không gian bỏ túi" của SCP-106. Tính mạng của đặc vụ Skinner đến nay vẫn chưa rõ.

SCP-079 yêu cầu người chơi bật lại hệ thống điều khiểu cửa, để nó có thể tự do điều khiển chúng. D-9341 làm theo và có tất cả bốn lựa chọn để người chơi có thể đạt được các ending trong game:

Kết thúc Cổng A:

Nếu không tái quản thúc SCP-106: khi bước ra khỏi thang máy, SCP-106 sẽ xuất hiện. Người chơi sẽ nghe thấy loa nói: "SCP-106 has breached containment at gate A. Fire the H.I D Turret immediately. Do not let it across the bridge." và khẩu pháo H.I.D sẽ bắn vào 106, khiến nó quay lại "không gian bỏ túi". Sau đó nếu người chơi vào hầm bên trái thì sẽ gặp ba người thuộc đơn vị "Hỗn Kháng", cho biết D-9341 "đã biết quá nhiều để họ (người của tổ chức) bắt lại". Chúng ta không biết họ bắt D-9341 đi làm gì, hay số phận của anh ta như thế nào. Nhưng nếu mà SCP-106 đã ở trong "không gian bỏ túi" thì khẩu súng máy H.I.D sẽ bắn vào người chơi. Trong credit là báo cáo về việc hầm nơi D-9341 trốn thoát đã sập.

Nếu tái quản thúc SCP-106: khi bước ra khỏi thang máy, D-9341 sẽ bị bắt bởi một nhóm Epsillon-11. Trong credit, game cho ta biết với khả năng "chuyển biến xoắn ốc" của D-9341, anh đã có thể sống sót qua tất cả các nguy hiểm không thể lường trước, và có một sự may mắn "ngoài sức tưởng tượng". Việc gán số hiệu SCP cho D-9341 đang được xem xét.

Ngoài ra, còn hai cái kết ở Cổng B.

Nếu không khóa đầu đạn hạt nhân: D-9341 trốn ra ngoài cổng B. Khi vào phòng điều khiển trên mặt đất, loa phát thanh thông báo, SCP-682[10], một loài thằn lằn khổng lồ, cực kỳ hung dữ và nguy hiểm, đã trốn thoát. Sau đó, Đầu đạn hạt nhân Alpha được kích hoạt, và D-9341 sẽ chết sau 90 giây. Trong credit là giọng của 1 đơn vị được điều đi tái quản thúc SCP-682.

Nếu khóa đầu đạn hạt nhân: mọi thứ sẽ như trên, nhưng Đầu đạn hạt nhân Alpha sẽ không kích nổ. Thay vào đó, D-9341 sẽ bị một đội Epsillon-11 tiêu diệt. Trong credit là báo cáo về việc phát hiện 1 nhân viên cấp D ngoài cổng B (D-9341).